В 1583 году Иван IV Грозный издал Указ о строительстве города Архангельского – «города для корабельной пристани». В лето 1584 года на высоком берегу Северной Двины, близ Михайло-Архангельского монастыря «одним годом поставили деревянной город».

В 1693 году Пётр I основал в Архангельске корабельные верфи. В 1694 году с них был спущен на воду первый русский корабль «Святой Павел». До начала XVIII века Архангельский морской порт был единственным морским выходом России  за границу.

С возникновением в 1707 году Петербургского порта, роль Архангельского порта снизилась, но в 19 веке с ростом лесного рынка, порт начинает активно развиваться.

В годы Первой мировой войны Архангельск становится единственным открытым портом в Европейской России. Началась перестройка всего портового хозяйства на военный лад. Уже в конце 1914 года начала строиться «Бакарица» — новый район порта, который превратился в основную базу по обработке военных грузов. В 1915—1916 годах для продления навигации в зимнее время был построен аванпорт «Экономия». Тогда же около железнодорожной станции Архангельск-пристань был оборудован новый район порта — «Левый берег». За все годы Первой мировой войны грузооборот Архангельского порта достиг небывалых размеров и составил в 1916 году — 2,8 миллиона тонн. К 1917 году морской порт «АМТП» имел 36 стационарных и передвижных кранов, 7 линейных и 9 портовых ледоколов.

После Октябрьской революции были реконструированы и расширены сооружения порта. У причалов «АМТП» и лесозаводов смогли одновременно грузиться и разгружаться несколько десятков советских и иностранных судов.

31 августа 1941 года порт принял первый союзный конвой "Дервиш". Во второй половине 1941 года весь объем импортных грузов на Севере принял Архангельский порт. За годы войны морской порт переработал миллионы тонн стратегических грузов.

Коренная реконструкция Архангельского морского торгового порта началась только в 60-х годах. В 1963 году на районе Бакарица были забиты первые сваи железобетонного причала. К середине 70-х завершена реконструкция района Бакарица, построен перегрузочный терминал на 2500 штук единовременного хранения 3-х и 5-ти тонных контейнеров.

На январь 1976 года порт имел 51 портальный кран, 14 стреловых, 101 автопогрузчик, 29 электропогрузчиков, 4 плавкрана, 195 автомашин, 19 буксиров, 24 катера, 5 водолеев и 21 единицу прочих плавсредств.