Первая железная дорога на территории будущей Эстонии была открыта для движения 24-го октября 1870-го года, на отрезке Палдиски - Таллинн - Нарва – Гатчина.

Впервые Эстонская железная дорога "ЭЖД" была создана 15-го ноября 1918-го года приказом министра дорог Эстонской Республики на базе Северо-Западной железной дороги, Первого общества подвозочных линий и участков военно-морской и военно-полевой железной дороги Российской Империи.

В 1940-м году, когда Эстонская железная дорога была включена в железнодорожную сеть СССР, протяженность железнодорожных путей Эстонии составила 1447 км, из них 772 км — ширококолейных и 675 км — узкоколейных путей.

В 1953 году дороги прибалтийских республик СССР были объединены в Балтийскую железную дорогу, которая в 1956 году была ликвидирована.

В 1963 году железнодорожные линии на территории Эстонии стали частью Прибалтийской железной дороги СССР, образованой 16 февраля 1963 года на основании Постановления Совета Министров СССР №174 от 14.02.1963 года при объединии Эстонской, Латвийской и Литовской железных дорог, управление дорогой находилось в Риге.

В 1992 году, после отделения Эстонской Республики от СССР, было создано государственное предприятие «Эстонская железная дорога» - Eesti Raudtee (EVR).